geo数据库中芯片包括哪些，如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

来源：整理时间：2024-05-05 23:38:43 编辑：黑码技术手机版

1，如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

你好，本公司是专门做生物信息数据处理的。差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择GEO数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：SAM法，R包处理，T-test检验等）——选择想要的阈值（Fold change >4)

如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

2，如何对GEO数据库中已有的数据进行分析

假设这组数据在A1:A100这个区域，公式：=INDEX(A:A,INT(RAND()*100)+1)或者：=OFFSET(A1,INT(RAND()*100),)

差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择geo数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：sam法，r包处理，t-test检验等）——选择想要的阈值（fold change >4)

如何对GEO数据库中已有的数据进行分析

3，请教如何分析GEO中别人的芯片数据

现在想从别人的芯片数据中找一些感兴趣的基因来做，不知道应该如何着手，是否可行。从GEO中下载了cel格式的文件，是否应该用这些数据来进行分析，搜了一下看到说可以用R语言来进行分析。分析的过程复杂吗，需要的时间多吗？

netstat命令是用来查看和自己电脑连接的电脑主机ip的，想要知道对方ip的话可以与对方聊天（一般用qq），通过间断性的netstat -n命令，可以看到两组命令结果有一个ip消失了，那么这个ip就是对方的ip,想要查看局域网ip得话就用局域网查看器lansee吧，这个工具比较简单。我知道的也不多，希望对你有帮助吧。

请教如何分析GEO中别人的芯片数据

4，在GEO上传基因芯片数据急求帮助

你好，本公司是专门做生物信息数据处理的。差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择geo数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：sam法，r包处理，t-test检验等）——选择想要的阈值（fold change >4)

将基因表达谱芯片的数据按照指定的格式和要求上传到NCBI 的GEO Datesets 上面的方法　　你到GEO上注册，然后按照他们的步骤做，他们会有人联系你来确保数据质量的。格式等直接问他们就可以。通常是SOFT格式。　　GEO Database　　近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（SAGE）可以同时测量数以万计的基因转录脚本（gene transcript）。基因表达大棚车（GEO：Gene Expression Omnibus）则是归档和自由分发科研人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目前，GEO存储了大约10亿单个基因表达的数据，来自于100多种生物，内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以Web为基础的工具进行有效的挖掘，检索和可视化表达。

5，介绍一下FPGA芯片

PGA是英文Field－Programmable Gate Array的缩写，即现场可编程门阵列，它是在PAL、GAL、EPLD等可编程器件的基础上进一步发展的产物。它是作为专用集成电路（ASIC）领域中的一种半定制电路而出现的，既解决了定制电路的不足，又克服了原有可编程器件门电路数有限的缺点。FPGA采用了逻辑单元阵列LCA（Logic Cell Array）这样一个新概念，内部包括可配置逻辑模块CLB（Configurable Logic Block）、输出输入模块IOB（Input Output Block）和内部连线（Interconnect）三个部分。FPGA的基本特点主要有：1）采用FPGA设计ASIC电路，用户不需要投片生产，就能得到合用的芯片。 --2）FPGA可做其它全定制或半定制ASIC电路的中试样片。3）FPGA内部有丰富的触发器和I／O引脚。4）FPGA是ASIC电路中设计周期最短、开发费用最低、风险最小的器件之一。5) FPGA采用高速CHMOS工艺，功耗低，可以与CMOS、TTL电平兼容。可以说，FPGA芯片是小批量系统提高系统集成度、可靠性的最佳选择之一。目前FPGA的品种很多，有XILINX公司的Virtex系列、TI公司的TPC系列、ALTERA公司的Stratix系列等。FPGA是由存放在片内RAM中的程序来设置其工作状态的，因此，工作时需要对片内的RAM进行编程。用户可以根据不同的配置模式，采用不同的编程方式。加电时，FPGA芯片将EPROM中数据读入片内编程RAM中，配置完成后，FPGA进入工作状态。掉电后，FPGA恢复成白片，内部逻辑关系消失，因此，FPGA能够反复使用。FPGA的编程无须专用的FPGA编程器，只须用通用的EPROM、PROM编程器即可。当需要修改FPGA功能时，只需换一片EPROM即可。这样，同一片FPGA，不同的编程数据，可以产生不同的电路功能。因此，FPGA的使用非常灵活。FPGA有多种配置模式：并行主模式为一片FPGA加一片EPROM的方式；主从模式可以支持一片PROM编程多片FPGA；串行模式可以采用串行PROM编程FPGA；外设模式可以将FPGA作为微处理器的外设，由微处理器对其编程。最近FPGA的配置方式已经多元化！