TCGA数据库包括哪些肿瘤数据，tcga fpkm数据为什么有3个

本文目录一览

1，tcga fpkm数据为什么有3个
2，关于TCGA数据库的问题新手求助
3，如何快速掌握TCGA数据库
4，如何使用tcga
5，癌症指标有哪些

1，tcga fpkm数据为什么有3个

countsfpkmfpkm-UQ其中最常用的是counts，也就是基因未经过处理的表达量FPKM和FPKM-UQ是两种不同的矫正方法，也就是对counts数做矫正处理。你可以下载原始数据下来对比，就很容易理解

tcga fpkm数据为什么有3个

2，关于TCGA数据库的问题新手求助

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了

关于TCGA数据库的问题新手求助

3，如何快速掌握TCGA数据库

tcga工作组发的文章。The Cancer Genome Atlas （TCGA，数据库。TCGA数据源大部分都是公开的。目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal ），ICGC（和GenePattern（

tcga工作组发的文章。the cancer genome atlas （tcga，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgahome2.jsp）数据库。tcga数据源大部分都是公开的。目前来能够从tcga数据库中提取数据的处理工具有cbioportal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），icgc（http://dcc.icgc.org/download/current）和genepattern（http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index）。

如何快速掌握TCGA数据库

4，如何使用tcga

TCGA数据库发展很快，使用频繁，可以发到不错的文章，TCGA数据库包含的内容非常多，下载资料的方式也是非常独特。临床数据，基因数据，miRNA数据，下载这些数据做差异分析，然后做生存分析是比较常见的方法。如果下载，如何整体，我们有相关的方法，这里不能发链接，你需要进去我的百度页面，进入我们的网页，可以学到很多TCGA的数据挖掘信息。希望对你有帮助

2013-01-11 06:34tcga原始数据下载方法1, 安装genetorrent-3.3.4-ubuntu11.x86_64.tar.gz2, 安装cgquery-2.1.3.tar.gz3, 进入https://browser.cghub.ucsc.edu4, 选择生成manifest.xml或者用cgquiry生成xml5, 向nih购买credential6, cgquery "xml_text=\"library_strategy>rna-seq\"&disease_abbr=luad&state=live -o myquery.xml7, gtdownload -c /path/to/mykey.pem -d /path/to/myquery.xml -v -c /path/to/genetorrent/ -p /path/to/savedata/ ok,现在你就得到tcga海量的原始测序文件了. 注意如果你之前add something into the cart, you should remove them.

5，癌症指标有哪些

癌症指标有：一是甲胎蛋白(AFP)是诊断原发性肝癌的标志物。二是癌胚抗原(CEA)是结肠癌的主要标志物。三是一般标志物：糖链抗原125(CA125)是卵巢癌首选肿瘤标志物，对肺癌也有参考作用。四是糖链抗原242(CA242)主要用于消化道恶性肿瘤的辅助诊断，对肺癌也有参考。五是神经元特异性烯醇化酶(NSE)是小细胞肺癌和神经母细胞瘤的标志物，一般用于小细胞瘤与非小细胞瘤的鉴别。

一是甲胎蛋白(afp)是诊断原发性肝癌的标志物。二是癌胚抗原(cea)是结肠癌的主要标志物。三是一般标志物：糖链抗原125(ca125)是卵巢癌首选肿瘤标志物，对肺癌也有参考作用。四是糖链抗原242(ca242)主要用于消化道恶性肿瘤的辅助诊断，对肺癌也有参考。五是神经元特异性烯醇化酶(nse)是小细胞肺癌和神经母细胞瘤的标志物，一般用于小细胞瘤与非小细胞瘤的鉴别。六是血清癌胚抗原(cea)是广谱肿瘤标志物，不能作为肺癌的特异标志物，但在肺癌鉴定方面仍有重要意义。七是乙肝表面抗原(hbsag)慢性肝炎史癌症鉴定。八是鳞状细胞癌抗原(scc)，灵敏度低，作为肺癌辅助诊断。九是酸性多肽(cyfra21-1)，是鳞状上皮细胞癌目前首选肿瘤标志物，对非小细胞肺癌早期诊断、疗效监测、预后判断均有意义。十是组织多肽抗原(tpa)，是非特异性肿瘤标志物也是广谱肿瘤标志物。十一是前列腺特异性抗原(psa)是前列腺癌患者诊断标志物。十二是前列腺酸性磷酸酶(pap)诊断前列腺癌，监测前列腺癌疗效，术后复发、转移的辅助指标。十三是良性肿瘤标志物有(ca199)、(ca153)等。

血清肿瘤四项标志物（AFP，CEA，r-GT，ALP），联合检测多种肿瘤标志物明显提高了肿瘤诊断的敏感性。尤其对肝、胆、胰腺肿瘤及肺癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌等消化道肿瘤诊断灵敏度高。同时，对恶性肿瘤患者的病情进行持续、有效、动态监测与复查，利于早期发现肿瘤的复发、转移倾向，为早期诊断，早期治疗提供有价值的线索和可靠的依据。即CEA癌胚抗原---，CA199糖类抗原----胰腺癌、胆管癌或其他消化道肿瘤，AFP甲胎蛋白----AFP可以在大约80%的肝癌患者血清中升高，碱性磷酸酶---乳腺癌、肺癌、卵巢癌、骨细胞瘤、骨肉瘤等，ALP---碱性磷酸酶增高时，提示可能有肝脏转移。中医肿瘤专家张明三十年治疗经验，可以对癌症患者有很好的帮助，祝身体早日恢复健康。

临床上常用的评价恶性肿瘤的指标主要包括：病理学检测指标、检验学检测指标和影像学检查指标等三大类。病理学检测指标主要包括肿瘤的形态学变化，病理学基因检测、肿瘤细胞的分级和分期，部分患者还可以实施循环肿瘤细胞CTC检测等。检验学指标主要是指恶性肿瘤标志物，每种肿瘤的肿瘤标志物相对较为特异，肿瘤标志物可以作为肿瘤治疗、随诊、监测的有效评估指标。肿瘤影像学指标包括肿瘤的影像检查，以实体瘤大小等客观变化为依据。

一般来说，五种肿瘤项目是cea(癌胚抗原)、afp(甲胎蛋白)、sf(血清铁蛋白)、β2–MG(β2微球蛋白)和ca50(癌胚抗原50)。如果五个指标的检测值高于正常范围，则表明体内有肿瘤，但五个指标的灵敏度和特异性均为60%～80%。因此，单一指标的增加不一定能确定体内肿瘤的存在，但需要进一步的检查和诊断。类似地，如果所有五个指标都异常，则可以初步诊断肿瘤。