geo数据库可以做哪些分析，如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

来源：整理时间：2024-12-29 05:25:26 编辑：黑码技术手机版

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1，如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在
2，如何对GEO数据库中已有的数据进行分析
3，请教如何分析GEO中别人的芯片数据
4，如何分析GEO数据库中某一疾病的差异基因
5，在GEO上传基因芯片数据急求帮助

1，如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

你好，本公司是专门做生物信息数据处理的。差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择GEO数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：SAM法，R包处理，T-test检验等）——选择想要的阈值（Fold change >4)

如何在GEO数据库中比较两个子集我想在两组芯片数据之间比较存在

2，如何对GEO数据库中已有的数据进行分析

假设这组数据在A1:A100这个区域，公式：=INDEX(A:A,INT(RAND()*100)+1)或者：=OFFSET(A1,INT(RAND()*100),)

差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择geo数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：sam法，r包处理，t-test检验等）——选择想要的阈值（fold change >4)

如何对GEO数据库中已有的数据进行分析

3，请教如何分析GEO中别人的芯片数据

现在想从别人的芯片数据中找一些感兴趣的基因来做，不知道应该如何着手，是否可行。从GEO中下载了cel格式的文件，是否应该用这些数据来进行分析，搜了一下看到说可以用R语言来进行分析。分析的过程复杂吗，需要的时间多吗？

netstat命令是用来查看和自己电脑连接的电脑主机ip的，想要知道对方ip的话可以与对方聊天（一般用qq），通过间断性的netstat -n命令，可以看到两组命令结果有一个ip消失了，那么这个ip就是对方的ip,想要查看局域网ip得话就用局域网查看器lansee吧，这个工具比较简单。我知道的也不多，希望对你有帮助吧。

请教如何分析GEO中别人的芯片数据

4，如何分析GEO数据库中某一疾病的差异基因

除了文献以外，也可以考虑OMIM数据库omim这个数据库的宗旨就是收集疾病及其相关基因的信息的。不过可能存在的问题就是对于疾病的划分比较系统详尽，不是说输入个糖尿病就直接出来一个列表，它对疾病进行了更进一步的分类，需要你仔细看一看，而且对于疾病的描述是很详尽的，不只是简单一个列表，需要你仔细读完，然后才能了解到底有什么相关基因。不过好处就是相当于简化了你找综述得步骤，而且相对比较全面。

如下：probeset_id gsm174883.cel gsm174884.cel gsm174885.cel gsm174886.celaffx-biob-5_at 8.22 7.79 7.14 7.26affx-biob-m_at 7.53 7 6.36 6.63affx-biob-3_at 7.96 7.73 6.92 7affx-bioc-5_at 8.94 8.79 8.04 8.18affx-bioc-3_at 9.01 8.79 7.99 8.17

5，在GEO上传基因芯片数据急求帮助

你好，本公司是专门做生物信息数据处理的。差异表达基因的筛选（阀值）以及后面的生物信息分析都可以做的。差异表达基因筛选步骤：选择geo数据——下载芯片数据——差异分析（方法有很多：sam法，r包处理，t-test检验等）——选择想要的阈值（fold change >4)

将基因表达谱芯片的数据按照指定的格式和要求上传到NCBI 的GEO Datesets 上面的方法　　你到GEO上注册，然后按照他们的步骤做，他们会有人联系你来确保数据质量的。格式等直接问他们就可以。通常是SOFT格式。　　GEO Database　　近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（SAGE）可以同时测量数以万计的基因转录脚本（gene transcript）。基因表达大棚车（GEO：Gene Expression Omnibus）则是归档和自由分发科研人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目前，GEO存储了大约10亿单个基因表达的数据，来自于100多种生物，内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以Web为基础的工具进行有效的挖掘，检索和可视化表达。