mirna的数据库有哪些，求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

来源：整理时间：2025-01-16 14:12:39 编辑：黑码技术手机版

1，求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

miRNA深度测序?你意思高通量测序吧。技术特点没什么可说的，如果你了解高通量测序的流程的话。mirna一般是通过割胶回收短序列RNA，建好mirna的文库后，进行高通量测序。只不过mirna测序分析有一些特点，比如说mirna的预测，以及靶基因的预测（主要基于数据库比对和mirna的前体的发卡结构）。

求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择

2，哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

请问mirna靶基因验证时怎么突变靶基因的3utr结合位点 - 分子...例如:靶基因和mirna的结合位点序列为:cauuuca,那应该怎么突变,不知道是突变其中一个还是几个碱基。看文献有的只突变1个碱基,有的突变2个碱基,不知道有没有什么

哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

3，mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等

以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） mirbase：众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。（2） starbase：一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） tarbase：一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。（4） mirecords：一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。（6） pictar：基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。（7） pita：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址：（8） rna22：基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。（9） miranda和microrna.org：是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。（10） microcosm：embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。（11） mirtarbase：整合实验证实的microrna靶标的数据库。（12） mirgator v2.0：整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。（14） mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。（15） rnahybrid：一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。（16） mirgen：microrna基因和microrna靶标数据库。（17） targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。（18） miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。（19） cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。（20） target-align：一个就鉴定植物microrna靶标的工具。

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4，miRBase 中收录的miRNA都是实验验证的吗

1、starBase一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。2、miRbase众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。3、ChIPBase整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4、Tarbase一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。5、miRecords一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。6、targetScan基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。7、PicTar基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。8、PITA基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。9、RNA22基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。10、miRanda和microRNA.org是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。11、MicroCosmEMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。12、miRTarBase整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。13、miRGator v2.0整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。14、MiRNAMap动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。15、miRDB动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。16、RNAhybrid一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。17、miRGenmicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

实验手段也不见得完全可靠，不可靠的信息也逐渐多起来了。这也是为什么随着版本升级一些mirna会dead或者modified的原因。mirbase中的mirna很大一部分是计算预测得到的，看evidence即可。每一条mirna记录页面都有显示该mirna的文献来源。在deep sequencing流行之后，是否是实验发现的自然很容易判断，mirbase增长速度明显加快。当然显然不是